根据中国法律，非法的分公司在注销时，并根据法律规定进行正常的注销流程。以下是具体的步骤：
确认非法原因：需要明确分公司为何被认为是非法的。这可能是由于违反了相关法律法规，或是未经正确程序注册等原因。
纠正违法行为：根据查明的原因，采取相应的措施纠正违法行为。例如，如果是因为未经许可经营而被视为非法，那么需要获得必要的许可或许可变更；如果是其他原因，则需要按照法律规定进行整改。
一旦违法行为得到纠正，就可以按照正常的分公司注销流程进行：
领取申请书：携带分公司的营业执照副本，到工商登记部门领取分公司注销登记申请书，并根据规定填写共同委托代理人或指定代表的证明。
准备注销材料：因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署，并加盖公章。
完成注销手续
等待核准：分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司需要带着《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
后续事宜：同时还需要到技术监督局注销企业代码证。如果分公司有银行账户的，需要注销银行账户，没有则不需要。
根据《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。因此，非法的分公司在纠正违法行为后，应当按照法律规定进行正常的注销流程，以终止其经营活动。
请注意，如果分公司涉及违法行为导致的法律责任，相关的责任人可能会被追究刑事责任或民事责任。在这种情况下，仅仅注销分公司可能不足以解决所有问题，可能还需要承担其他法律责任。
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