办理公司转让通常需要在多个部门进行相关手续，主要包括工商行政管理部门、税务部门等。具体而言：
工商行政管理部门公司转让涉及公司股权结构的变更，因此需要在工商行政管理部门进行变更登记。这包括修改公司章程、股东名册等，并最终完成营业执照的变更。
税务部门在公司转让过程中，可能涉及到股权转让的税收问题，因此需要在税务部门进行相关纳税申报。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例相关规定，个人转让股权需先到税务局办理个人所得税纳税申报。
召开股东大会讨论：对于大型公司，股东的变更会引起公司架构的一些改变，因此需要召开股东大会进行表决。对于小型私有公司，则无需如此繁琐的程序。
做国有资产评估：如果涉及国有资产的变更，那么在公司转让前需要进行资产评估，以防止国有资产流失。
合同签订：无论是哪种类型的公司转让，合同都是必备的法律保障。合同中应明确转让的价格、条件以及其他相关事宜。
收回原股东的出资证明，发放新的证明给新股东：这是公司内部股权变更的一个重要步骤。
修改公司章程和股东名册：新股东的加入会引起公司架构的改变，因此需要对公司章程和股东名册进行相应的修改。
进行工商变更登记：在完成上述步骤后，需要到工商行政管理部门进行变更登记，正式将公司股权变更的信息记录在案。
公告全公司：这是对公司内部员工的一种透明化举措，表明新股东已被认可。
公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》：这是工商行政管理部门要求的基本文件。
公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》：以及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。
关于修改公司章程的决议、决定：不同的公司类型（如有限责任公司、股份有限公司、一人有限责任公司、国有独资公司）需要提交的文件有所不同。
修改后的公司章程或者公司章程修正案：需要公司法定代表人签署。
其他相关证明文件：如名称变更的批准文件、新的住所使用证明、经营范围变更的批准文件等。
办理公司转让是一项复杂的过程，涉及多个部门和大量的文件准备工作。无论是转让方还是承接方，都需要仔细了解并遵循相关法律法规，确保转让过程合法合规。在实际操作中，建议寻求专业的代理记账公司或法律顾问的帮助，以避免潜在的法律风险和财务问题。
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